Palkkaharmonisaatio ei tarkoita sitä, että kaikille samalla nimikkeellä oleville pitäisi maksaa samaa palkkaa, eikä sitä, että saman vaativuustason tehtävissä palkka kaikkinensa on sama. Palkkaharmonisaatio tarkoittaa sitä, että saman vaativuustason tehtävissä tehtäväkohtainen palkka on sama.
Oikeuskäytännön mukaan harmonisointi tehdään ylimpään tehtäväkohtaiseen palkkaan. Harmonisaatioajankohtaan vaikuttavat useat seikat, mutta olennaista on se, että suunnitelma harmonisoinnin toteuttamiseksi tulee tehdä pikimmiten uudelle työnantajalle siirryttäessä.